Die Theologische Fakultät ist im Jahr 2001 durch den Zusammenschluss zweier selbständiger Berner Fakultäten entstanden: der Christkatholisch-theologischen Fakultät und der Evangelisch-theologischen Fakultät. Bis 2017 bestanden zwei Departemente (für christkatholische und für evangelische Theologie). Seit 1. August 2017 kennt die Theologische Fakultät acht Institute: Altes und Neues Testament, Judaistik, Historische Theologie, Systematische Theologie, Praktische Theologie, Empirische Religionsforschung und Christkatholische Theologie. Sie weiss sich dem Ziel einer ökumenischen Gemeinschaft der Kirchen verpflichtet.
In Lehre und Forschung wird im gegenseitigen Austausch an einem kritisch-zeitgemässen Profil christkatholischer wie reformierter Theologie und am interreligiösen Dialog in Theorie und Praxis gearbeitet.
Im Akademischen Jahr 2005/2006 hat die Theologische Fakultät ihr Lehrangebot auf das Bologna-System umgestellt und bietet seither "Theologie" als Integralstudium und den Studiengang "Interreligiöse Studien" an.
Das Integralstudium ‚Theologie’ wird nach wie vor am häufigsten gewählt, beliebt sind aber auch das Hauptfach "Interreligiöse Studien" oder der 2010 eingeführte spezialisierte (Mono)Master in "Ancient Judaism/Antikes Judentum". Vermehrt profitieren Studierende anderer Fachrichtungen auch vom breiten Nebenfach- bzw. Minor-Angebot der Theologischen Fakultät, wie zum Beispiel "Ancient Near Eastern Cultures" (Bachelor/Master) oder "Gender and Religion" (Master).
Signifikant für die jüngere Entwicklung der Fakultät seit 2010 sind die Gründung eines Institutes für Judaistik, die Schaffung eines Instituts für Empirische Religionsforschung, die Gründung eines Kompetenzzentrums Liturgik, aber auch die Einrichtung attraktiver ökumenischer Lehraufträge (u.a. anglikanische und orthodoxe Theologie) für die Spezialisierung in "Ecumenical Studies" oder für den Studiengang Interreligiöse Studien.
Rund die Hälfte der Studierenden an der Theologischen Fakultät sind Frauen und zurzeit lehren an der Theologischen Fakultät sechs Professorinnen. Es werden regelmässig feministische und genderspezifische Lehrveranstaltungen angeboten.
Seit Mitte der 1990er Jahre ist die ehemalige Schokoladefabrik Tobler die Heimat der Theologischen und der Philosophisch-Historischen Fakultät. Der mehrfach preisgekrönte Gebäudekomplex, heute UniTobler genannt, vereint alte Bausubstanz mit modernster Architektur in gelungener Weise; er enthält darüber hinaus eine reichhaltige Basisbibliothek und eine eigene Mensa.
